Partout dans le monde, si ce n'est peut-être au Brésil, la viabilité économique des biocarburants repose dans une large mesure sur le subventionnement des filières de la part des autorités. C'est le cas aux Etats-Unis et dans la grande majorité des Etats membres de l'UE, mais également dans différents pays sur le continent asiatique. Les aides accordées sont généralement limitées dans le temps, et peuvent être directes (sous forme d'exonération ou de réduction de la taxe sur les carburants) et/ou indirectes (aides au secteur agricole).
Le coût lié à la défiscalisation des biocarburants pousse toutefois certains pays à établir des quotas de production, correspondant à des enveloppes budgétaires prédéfinies. C'est le cas notamment de la France, de l'Italie, de la Suède et de la République Tchèque. Les biocarburants se retrouvent ainsi dans un marché fermé où les filières biodiesel et bioéthanol sont en concurrence. L'Espagne et l'Allemagne (jusqu'en 2007) ont opté au contraire pour une défiscalisation totale et l'absence d'agréments, permettant ainsi aux deux filières de se développer très rapidement.
Le coût de production des biocarburants (de l'ordre de 0,95-1,15 CHF/l dans l'UE) est encore aujourd'hui sensiblement plus élevé que celui des carburants ordinaires, soit environ 0,65-0,70 CHF/l pour le diesel et 0,55-0,60 CHF/l pour l'essence. Dans l'optique d'une détaxe des biocarburants, le contexte actuel laisse toutefois entrevoir la possibilité de bénéficier de carburants à la fois plus respectueux de l'environnement et meilleur marché.
En Suisse, certains secteurs d'activités bénéficient d'un allègement fiscal sur les carburants conventionnels [1]. C'est le cas entre autres de l'agriculture, de la sylviculture, de la pêche, mais aussi des transports publics (entreprises de transport concessionnaires de la Confédération). Aux prix actuels des carburants ordinaires, l'utilisation de biocarburants se traduit généralement, dans ces cas, par une augmentation des coûts du carburant, et ce malgré l'exonération d'impôt accordée aux biocarburants.
Les mélanges à hauteur de 5% v/v de biocarburants (B5, E5), distribués auprès du grand public dans différentes stations-services, sont en revanche généralement proposés aux mêmes prix que les carburants conventionnels. Le prix de ces mélanges est toutefois fortement lié aux prix du diesel et de l'essence.
